اینیستا در سال 1996 میلادی وارد آکادمی فوتبال باشگاه بارسلونا شد. در سال‌های 2001 تا 2003 میلادی عضو تیم دوم بارسا بود و از سال 2002 رسما بازیکن تیم اصلی نیز شد و پس از 22 سال از این تیم خداحافظی کرد.